当初は
東京に設置されていた帝国大学(後に
東京帝国大学と改称)しか存在しなかったため、同校設置のための法律であった。
大学院と法科・医科・工科・文科・理科からなる5つの
分科大学(長・教頭・教授・助教授によって組織)から構成され、これらをまとめる
総長は
勅任官とされた。
1889年(明治22年)に農科を加えた6科となる。
1892年(明治25年)に最初の大改正が行われて、職員については別個に
帝国大学官制が定められて帝国大学令では新たに
講座制や
教授会の設置などが定められた。
1897年(明治30年)の
京都帝国大学設置以後は東京以外の帝国大学も適用対象となった。
大学令公布に伴い全面改正が必要とされたために、新たに(改正)帝国大学令が制定されて分科大学制は廃止されて
学部からなる
総合大学へと移行された。戦後の
日本国憲法制定に合わせる形で
国立大学と改称され、その位置付けは大きく変わることになった。